충남에는 백제시대의 고도(공주,부여)가 위치하고 있을 뿐만 아니라 선조들이 남겨놓은 문화유산이 곳곳에 산재하여 있다. 그러나 이러한 문화유산은 빠른 개발과정에서 많은 양이 안타깝게 훼손되고 있는 실정이다.
문화재연구부는 선조들의 숨결이 스며있는 문화유산들에 대한 체계적인 조사와 연구를 통해 우리의 전통문화를 보존하는데 노력하고 있다. 아울러 매장문화재에 대한 발굴조사를 통해 각종 개발사업의 원활한 추진을 도모하고, 동시에 문화재의 효율적인 보존·관리를 위한 각종 문화재정책과 문화유산의 활용방안에 대한 연구를 통해 충남의 문화자원을 보존·계승하는데 기여하고 있다. 이를 통해 지역문화의 활성화를 통한 문화경쟁력 제고, 문화재의 관광자원화를 통한 지역경제의 활성화를 도모하고 있다.